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肠道菌群与消化系统疾病的关系
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消化系统
消化系统从口腔延续到肛门，负责摄入食物、将食物粉碎成为营养素、吸收营养素进入血液，以及将食物的未消化部分排出体外。消化道包括口腔、咽、食管、胃、小肠、大肠、直肠和肛门，还包括一些位于消化道外的器官：胰腺、肝脏和胆囊。肠道菌群主要位于下消化道结肠及直肠中，因此肠道菌群与消化道的关系最为密切，几乎所有的消化道疾病均与肠道菌群有着相关的联系，其中炎症性肠病（IBD）、肠易激综合征（IBS）、功能性消化不良（FD）、结直肠癌、非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）、肝硬化、胰腺疾病与肠道菌群的关系研究尤为火热。
1炎症性肠病
炎症性肠病（IBD）为累及回肠、直肠、结肠的一种特发性肠道炎症性疾病。临床表现腹泻、腹痛，甚至可有血便，包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）。有许多研究表明,细菌是IBD的促发因素，活动期UC患者的双歧杆菌、乳酸杆菌菌数量较正常对照组呈显著减少；肠杆菌数量较正常组有显著增加，肠球菌及小梭菌也有增加的趋势。表明活动期UC患者的益生菌减少和肠杆菌等条件致病菌增加导致肠菌群失调，这种失调可能是UC的发病因素之一。而缓解期UC患者的双歧杆菌、肠杆菌及其它细菌数量较正常对照组无显著差异提示UC患者肠道菌群的改变程度与UC的病理改变严重程度具有一定关联。
动物实验中，大量的敲除免疫基因或转基因的或诱导化学性炎症的模型小鼠，通常依赖肠道细菌引发组织学改变及与IBD类似的炎症反应，提示微生物可能是IBD的一个触发因素，在IBD的发生发展过程中起了重要的作用；此外，在细菌密度较高的肠段(结肠和回肠末端)，也最常发生IBD。研究者从UC患者肠菌中分离并培养出变形梭状杆菌，其培养上清液具有细胞毒性，用含有变形梭状杆菌的上清液给小鼠灌肠，小鼠肠道发生类似人类UC样改变。
目前，黏附侵袭性大肠杆菌（AIEC）受到越来越多的
