锐帮读高通量测序揭示IBD儿童肠道菌

导读：炎症性肠病(IBD)涉及粘膜免疫对环境因素（如肠道菌群）的响应失调。研究表明，IBD患者的肠道细菌菌群结构有所变化，但其与疾病的关联尚未明确。同时最近的研究表明肠道真菌在该疾病中也扮演着重要角色。本研究对IBD儿童肠道中真菌、古菌及细菌的群落结构进行了分析比较。文献ID题目：AFungalSignatureintheGutMicrobiotaofPediatricPatientswithInflammatoryBowelDisease期刊：InflammBowelDis发表时间：.08IF:4.通讯作者：GaryD.Wu单位：宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院邮箱：gdwu

mail.med.upenn.edu材料与方法样品：收集IBD儿童（32位）及健康儿童（90位）的粪便样品，通过rRNAgene深度测序分析其真菌、古菌及细菌的群落结构。DNA提取：PSPSpinStoolDNAPlusKit（mg粪便）。测序策略：ITS1区域及16SrDNA测序(V1-V2区)，Roche/平台。研究成果1.IBD儿童肠道真菌群落特征Shannon多样性指数表明，与健康儿童相比，IBD儿童肠道真菌群落的多样性显著降低。图1.IBD儿童肠道真菌群落特征PCA分析表明，健康儿童与IBD儿童的肠道真菌群落组成具有明显差别。图2.健康儿童与IBD儿童的肠道真菌群落结构组成PCA分析热图分析表明，观察到最多的目为Saccharomycetales（酵母目），其中包含Candida（假丝酵母属）。图3.健康儿童与IBD儿童的肠道真菌群落热图分析CandidaReads绝大多数属于1个OTU(GenBankID:KP131)。这个OTU注释属于一个单独的种，之前被命名为不同的名称，包括：Pichiajadinii、Candidautilis、Cyberlindnerajadinii、Torulayeast及Candidaguilliermondiivar.nitratophila等。相对于所有的健康人，这个OTU在IBD儿童中的丰度极为丰富。第二个CandidaOTU(GenBankID:EF)，注释为Candidaparapsilosis，在IBD儿童中也是极为丰富的。第三个OTU(GenBankID:KJ)，注释为Cladosporiumcladosporioides，在健康人群中的丰度较高。图4.部分真菌OTUs丰度（柱状图展示了3个选定的真菌OTUs的数量）2.IBD儿童的肠道微生物群落结构特征采用随机森林方法，对IBD儿童、健康儿童（图5.A），以及IBD儿童、所有健康人进行分类比较。模型能够根据患病状况成功区分IBD儿童和健康人群。图5.健康人与IBD儿童的随机森林分类精度3.IBD儿童肠道真菌与细菌群落的相关性分析真菌与细菌的相关性分析表明，IBD儿童肠道中最常见的真菌CandidaOTUKP131，与细菌物种之间并没有强烈的相关性；然而在健康群体中检测到许多真菌与细菌OTUs存在显著的相关性。图6.IBD儿童肠道中细菌及真菌群落相关性分析研究结论IBD儿童的肠道微生物群落表现为：真菌和细菌多样性降低，Candida丰度明显较高。这些数据强调了真菌微生物群落作为IBD儿童生物标记物的重要性，支持它们在研究疾病发病机理中的应用。亮点阐明了IBD儿童中存在真菌生态失调现象；提出特定的酵母菌家族是否与促炎症反应或者炎症发生相关的问题；促进真菌与IBD治疗的相关性研究；表明IBD儿童的肠道失调研究可以作为有效的个性化分子诊断途径。锐翌基因服务锐翌基因采用IlluminaHiSeqPE测序策略对16SrDNA的V3+V4或多种单可变区进行测序，数据质量更高(Q30≥90%)，测序通量显著提高；升级版后的分析内容，更加全面，并在原有的分析基础上提供自己的特色分析，给各位新老客户完美的测序体验。供稿：王颖颖编辑：王丽燕点击下方“阅读原文”可转至文献下载页面







































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